Datasets:

multimolecule
/

archiveii.512

id stringlengths 9 65	sequence stringlengths 28 512	secondary_structure stringlengths 28 512	family stringclasses 9 values
16S_rRNA-A.fulgidus_domain1	AUUCUGGUUGAUCCUGCCAGAGGCCGCUGCUAUCCGGCUGGGACUAAGCCAUGCGAGUCAAGGGGCUUGUAUCCCUUCGGGGAUGCAAGCACCGGCGGACGGCUCAGUAACACGUGGACAACCUGCCCUCGGGUGGGGGAUAACCCCGGGAAACUGGGGCUAAUCCCCCAUAGGGGAUGGGUACUGGAAUGUCCCAUCUCCGAAAGCGCUUAGCGCCCGAGGAUGGGUCUGCGGCGGAUUAGGUUGUUGGUGGGGUAACGGCCCACCAAGCCGAAGAUCCGUACGGGCCAUGAGAGUGGGAGCCCGGAGAUGGACCCUGAGACACGGGUCCAGGCCCUACGGGGCGCAGCAGGCGCGAAACCUCCGCAAUGCGGGAAACCGCGACGGGGUCAGCCGGAGUGCUCGCGCAUCGCGCGGGCUGUCGGGGUGCCUAAAAAGCACCCCACAGCAAGGGCCGGGCAAGGCCGGUGGCAGCCGCCGCGGUAAUACCGGCGGCCCGAGUGGCGGCCACU	...(((((.......))))).((((((((((.((((((((((.....(((.(((..(((..((.(((((((((((....))))))))))).)))))......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((((((.((......)))))))))).....((.....)).)))))))..))))))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)))))))))..((((((((...))))))))....(((((((.......))))))).......(((((((((....((((.....((.))))).......)))))))))).))))))))))...	16S_rRNA
16S_rRNA-A.fulgidus_domain2	UUUAUUGGGCCUAAAGCGUCCGUAGCCGGGCUGGUAAGUCCUCCGGGAAAUCUGGCGGCUUAACCGUCAGACUGCCGGAGGAUACUGCCAGCCUAGGGACCGGGAGAGGCCGGGGGUAUUCCCGGAGUAGGGGUGAAAUCCUGUAAUCCCGGGAGGACCACCUGUGGCGAAGGCGCCCGGCUGGAACGGGUCCGACGGUGAGGGACGAAGGCCAGGGGAGCGAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCUGGCUGUAAACGAUGCGGACUAGGUGUCACCGAAGCUACGAGCUUCGGUGGUGCCGGAGGGAAGCCGUUAAGUCCGCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGCUGAAACUUA	.......(((((...(.((((.(.(((.(((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))....))))))))..)))))))))...((((((.....(((((((((..(((((((....(((......))).......)))))))..)).......((....)).)))))))....))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((((((.....))))))))))))))...((..)))).....)))))))))).(((......((((....))))....))).	16S_rRNA
16S_rRNA-A.fulgidus_domain3	AAGGAAUUGGCGGGGGAGCACUACAACGGGUGGAGCCUGCGGUUUAAUUGGAUUCAACGCCGGGAAGCUUACCGGGGGAGACAGCGGGAUGAAGGUCGGGCUGAAGACCUUACCAGACUAGCUGAGAGGUGGUGCAUGGCCGCCGUCAGUUCGUACUGUGAAGCAUCCUGUUAAGUCAGGCAACGAGCGAGACCCGCGCCCCCAGUUGCCAGCGGUUCCCUUCGGGGAAGCCGGGCACACUGGGGGGACUGCCGGCGCUAAGCCGGAGGAAGGUGCGGGCAACGGCAGGUCCGUAUGCCCCGAAUCCCCCGGGCUACACGCGGGCUACAAUGGCCGGGACAAUGGGUACCGACCCCGAAAGGGGUAGGUAAUCCCCUAAACCCGGUCUAACCUGGGAUCGAGGGCUGCAACUCGCCCUCGUGAACCUGGAAUCCGUAGUAAUCGCGCCUCAAAAUGGCGCGGUGAAUACGUCCCUGCUCCUUGCACAC	.......(((((.(((((((..((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((...((((.(......(((.(((.......))).)))...)..))))...((.((((..(((((((((...((((((.((....))...((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((((((((....))))).)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).)).	16S_rRNA
16S_rRNA-A.fulgidus_domain4	ACCGCCCGUCAAGCCACCCGAGUGGGCCAGGGGCGAGGGGGUGGCCCUAGGCCACCUUCGAGCCCAGGGUCCGCGAGGGGGGCUAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAAUCUGCGGCUGGAUCACCUCCU	.(.(..((...((((.(((..(((((((..((((..((((((((((...))))))))))..))))..)))))))..))).))))....))...)..).((((((((((....))))))))))...........	16S_rRNA
16S_rRNA-A.pyrophilus_domain2	UCACUGGGCGUAAAGCGUCCGCAGCCGGUCGGGUAAGCGGGAUGUCAAAGCCCACGGCUCAACCGUGGAAUGGCAUCCCGAACUGCCCGACUUGAGGCACGCCCGGGCAGGCGGAAUUCCCGGGGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAUCUCGGGAGGAACACCGAAGGGGAAGCCAGCCUGCUGGGGCUGUCCUGACGGUCAGGGACGAAAGCCGGGGGAGCGAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCCGGC	................((((...(((.(((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...(((((..((..((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).))))))).))..)).)))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))	16S_rRNA
16S_rRNA-A.pyrophilus_domain4	CCGCCCGUCACGCCACGGAAGUCGGUCCGGCCGGAAGUCCCCGAGCUAACCGGCCCUUUUUGGGCCGGGGGCAGGGGCCGAUGGCCGGGCCGGCGACUGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAACCUGC	..(..((...((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..(((((((.....))))))).))).)))).)...))))))))))))..))).))))....))...).........(((((....)))))	16S_rRNA
16S_rRNA-B.burgdorferi_domain2	GGGAUUAUUGGGCGUAAAGGGUGAGUAGGCGGAUAUAUAAGUCUAUGCAUAAAAUACCACAGCUCAACUGUGGACCUAUGUUGGAAACUAUAUGUCUAGAGUCUGAUAGAGGAAGUUAGAAUUUCUGGUGUAAGGGUGGAAUCUGUUGAUAUCAGAAAGAAUACCGGAGGCGAAGGCGAACUUCUGGGUCAAGACUGACGCUGAGUCACGAAAGCGUAGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCUACGCUGUAAACGAUGCACACUUGGUGUUAACUAAAAGUUAGUACCGAAGCUAACGUGUUAAGUGUGCCGCCUGGGGAGUAUGCUCGCAAGAGUGAAAC	..........(((((...(.((((.(.(((.(((((((.((((((.(((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((...))))))))))...((..)))).....))))))))))...(......((((....))))....)	16S_rRNA
16S_rRNA-B.burgdorferi_domain3	UCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGAUACGCGAGGAACCUUACCAGGGCUUGACAUAUAUAGGAUAUAGUUAGAGAUAAUUAUUCCCCGUUUGGGGUCUAUAUACAGGUGCUGCAUGGUUGUCGUCAGCUCGUGCUGUGAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUGUUAUCUGUUACCAGCAUGUAAUGGUGGGGACUCAGAUAAGACUGCCGGUGAUAAGUCGGAGGAAGGUGAGGAUGACGUCAAAUCAUCAUGGCCCUUAUGUCCUGGGCUACACACGUGCUACAAUGGCCUGUACAAAGCGAAGCGAAACAGUGAUGUGAAGCAAAACGCAUAAAGCAGGUCUCAGUCCGGAUUGAAGUCUGAAACUCGACUUCAUGAAGUUGGAAUCGCUAGUAAUCGUAUAUCAGAAUGAUACGGUGAAUACGUUCUCGGGCCUUGU	............(((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....))))))).((((....))))))))))))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...))))))))))	16S_rRNA
16S_rRNA-B.burgdorferi_domain4	ACACACCGCCCGUCACACCACCCGAGUUGAGGAUACCCGAAGCUAUUAUUCUAACCCGUAAGGGAGGAAGGUAUUUAAGGUAUGUUUAGUGAGGGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAAGUGCGGCUGGAUCACCUC	.....(.(..((...((((.(((..((((((.(((((....(.((((.((((..(((....))).)))))))).)...))))).))))))..))).))))....))...)..).((((((((((....)))))))))).........	16S_rRNA
16S_rRNA-B.subtilis_domain2	AUUAUUGGGCGUAAAGGGCUCGCAGGCGGUUUCUUAAGUCUGAUGUGAAAGCCCCCGGCUCAACCGGGGAGGGUCAUUGGAAACUGGGGAACUUGAGUGCAGAAGAGGAGAGUGGAAUUCCACGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUGUGGAGGAACACCAGUGGCGAAGGCGACUCUCUGGUCUGUAACUGACGCUGAGGAGCGAAAGCGUGGGGAGCGAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCGUAAACGAUGAGUGCUAAGUGUUAGGGGGUUUCCGCCCCUUAGUGCUGCAGCUAACGCAUUAAGCACUCCGCCUGGGGAGUACGGUCGCAAGACUGAAACUCA	.......(((((.....((((.(.(((.(((((((.(((((((((.......((((((.....)))))).....)))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((((......))))))))))))...((..)))).....)))))).))).(((......((((....))))....))).	16S_rRNA
16S_rRNA-B.subtilis_domain3	AAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGUCUUGACAUCCUCUGACAAUCCUAGAGAUAGGACGUCCCCUUCGGGGGCAGAGUGACAGGUGGUGCAUGGUUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUGAUCUUAGUUGCCAGCAUUCAGUUGGGCACUCUAAGGUGACUGCCGGUGACAAACCGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAAUCAUCAUGCCCCUUAUGACCUGGGCUACACACGUGCUACAAUGGACAGAACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGUUAAGCCAAUCCCACAAAUCUGUUCUCAGUUCGGAUCGCAGUCUGCAACUCGACUGCGUGAAGCUGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCAUGCCGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACAC	.......(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((....(((((....)))))...((((....))))))))).))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).)).	16S_rRNA
16S_rRNA-B.subtilis_domain4	ACCGCCCGUCACACCACGAGAGUUUGUAACACCCGAAGUCGGUGAGGUAACCUUUUAGGAGCCAGCCGCCGAAGGUGGGACAGAUGAUUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAUCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUUCU	...(..((...((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(((...))).))).)))).)...))))..))))))..))).))))....))...)....((((((((((....))))))))))...............	16S_rRNA
16S_rRNA-C.elegans_domain1	AAUAGGUUUGGUCCUAGCCUUUCUAUUAACUCUUAGUAGGAUUACACAUGCAAGCAUCCCCGCCCCAGUGAGUCACCCUCUAAAUCACCACGAUCAAAAGGAACAAGCAUCAAGUACGCAGAAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAGACAGCAGU	...(((((.......))))).........................((.(((..(......)......(((......(((....(((.....)))....)))....(((....(((..(((....))).)))......)))..((...))))).(.((....)).)...)))))	16S_rRNA
16S_rRNA-C.elegans_domain2	GAUAAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCCAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACCGCGGUCACACGAUUAACCCAAGCCAAUAGAAAUCGGCGUAAAGAGUGUUUUAGAUCAAUCCCCCAAUAAAGCUAAAAUUCACCUG	........(.(((...(((((....))))).))))...............((((((((.....(((.....((.))))).......)))..)))))..................................................................	16S_rRNA
16S_rRNA-C.elegans_domain3	AGUUGUAAAAAACUCCAGCUGAUAUAAAAUAAACUACGAAAGUGGCUUUAAUAUAUCUGAACACACAAUAGCUAGGACCCAAACUGGGAUUAGAUACCCCACUAUGCCUAGCCCUAAACUUCAACAGUUAAAUUAACAAGACUGCUCGCCAGAACACUACGAGCCACAGCUUAAAACUCAAAGGACCUGGCGGUGCUUCACAUCCUUCUAGAGGAGCCUGUUCUGUAAUCGAUAAACCCCGAUCAACCUCACCACCUCUUGCUCAGCCUAUAUACCGCCAUCUUCAGCAA	.(((......)))....................(.((....)))..........................((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(.(((((..........))))).).....((.......((((....)))).....))................................................((((........))))...............................................	16S_rRNA
16S_rRNA-C.elegans_domain4	ACCCUGACGAAGGCCACAAAGUAAGCACAAGUACCCACGUAAAGACGUUAGGUCAAGGUGUAGCCCAUGAGGU	.((((.....))).......)..........(((....)))................................	16S_rRNA
16S_rRNA-C.psittaci_domain2	UUUAUUGGGCGUAAAGGGCGUGUAGGCGGAAAGGAAAGUUAGAUGUUAAAUCUUGGGGCUCAACCCCAAGCCAGCAUCUAAUACUAUCUUUCUAGAGGGUAGAUGGAGAAAAGGGAAUUCCACGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAUAUGUGGAAGAACACCAGUGGCGAAGGCGCUUUUCUAAUUUACACCUGACGCUAAGGCGCGAAAGCAAGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCUUGCCGUAAACGAUGCAUACUUGAUGUGGAUAGUCUCAACCCUAUCCGUGUCGUAGCUAACGCGUUAAGUAUGCCGCCUGAGGAGUACACUCGCAAGGGUGAAACUCA	.......(((((.....((((.(.(((.((((((..(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)).))))))...(((((((((..((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).))))))).)))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..(((((((((((........)))))))))))...((..)))).....)))))).))).(((......((((....))))....))).	16S_rRNA
16S_rRNA-C.psittaci_domain3	AAAGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCAGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCUGGGCUUGACAUGUAUUUGACCGCGGCAGAAAUGUCGUUUUCCGCAAGGACAGAUACACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGCCGUGAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUAUCGUUAGUUGCCAACACUUAGGGUGGGAACUCUAACGAGACUGCCUGGGUUAACCAGGAGGAAGGCGAGGAUGACGUCAAGUCAGCAUGGCCCUUAUGCCCAGGGCUACACACGUGCUACAAUGGCCAGUACAGAAGGUAGCAAUAUCGUGAGAUGGAGCAAAUCCUCAAAGCUGGCCCCAGUUCGGAUUGUAGUCUGCAACUCGACUACAUGAAGUCGGAAUUGCUAGUAAUGGCGUGUCAGCUAUAACGCCGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACAC	.......(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((((...((((((....))))))..(((....)))))))))))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).)).	16S_rRNA
16S_rRNA-C.psittaci_domain4	ACCGCCCGUCACAUCAUGGGAGUUGGUUUUGCCUUAAGUCGUUGACUCAACCUGCAAAGGAGAGAGGCGCCCAAGGUGAGGCUGAUGACUGGGAUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCCUACCGGAAGGUGGGGCUGGAUCACCUCCUUU	...(..((...((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..(((....))).))).)))).)...))))))))))))..))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))).............	16S_rRNA
16S_rRNA-C.reinhardtii.chloro_domain1	AUCCAUGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGACGAACGCUGGCGGCAUGCUUAACACAUGCAAGUCGAACGAGCAAAGCAAUUUGUGUAGUGGCGAACGGGUGCGUAACGCGUAAGAACCUACCUAUCGGAGGGGGAUAACAUUGGGAAACUGUUGCUAAUACCCCAUACAGCUGAGGAGUGAAAGGUGAAAAACCGCCGAUAGAGGGGCUUGCGUCUGAUUAGCUAGUUGGUGGGGGUAACGGCCUCCCAAGGCCACGAGCAGUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAUCAGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGAGGAAUUUUUCGCAAUGGGCGCAAGCGACGGAGCAAUGCCGCGUGCAGGAAGAAGGCCUGUGGGUCGUAAACUGCUUUUCUCAGAGAAGAAGUUCUGACGGUAUCUGAGGAAUAAGCACCGGCUAACUCUGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACAGAGGGUGCAAGCGUUGUCCGGA	.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((..(((((....)))))...)))))......(((......(((((((..((...(((((((.((((.....((.(((....))).))......)))).....(((....)))....(((.....))).)))))))..)).)))))))(((..(.(((..((((.((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(..((....))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(.........)....))))))..)...((((((((...(((((.....((.))))).......)))))))))).))))))))))...	16S_rRNA
16S_rRNA-C.reinhardtii.chloro_domain2	AUGAUUGGGCGUAAAGCGUCUGUAGGUGGCUCGUAAAGUCUAAUGUCAAAUACCAGGGCUCAACCUUGGACCGGCAUUGGAGUACUCACGAGCUUGAGUACGGUAGGGGCAGAGGGAAUUCCAUGUGGAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUAUGGAGGAACACCAGUGGCGAAGGCGCUCUGCUGGGCCGAAACUGACACUGAGAGACGAAAGCUGGGGGAGCGAAUAGGAUUAGAUACCCUAGUAGUCCCAGCCGUAAACUAUGGAGACUAAGUGCUGCCGCAAGCAGUGCUGUAGCUAACGCGUUAAGUCUCCCGCCUGGGGAGUAUGCUCGCAAGAGUGAAACUCA	.......(((((...(.((((.(.(((.((((((..(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)).))))))...(((.((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))..)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((.....))))))))...((..)))).....)))))))))).(((......((((....))))....))).	16S_rRNA
16S_rRNA-C.reinhardtii.chloro_domain3	AAGGAAUUGACGGGACCGCACAAGCGGUGGAUUAUGUGGAUUAAUUCGAUACAACGCGAAGAACCUUACCAGGGUUUGACAUGUCAAGAACCUCUCAGAAAUGGGAGGGUGCCCUAACGGACUUGAACACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGCUGUGAAGUGUAUAGUUAAGUCUCAUAACGAGCGCAACCCUCGUCUUUAGUUGCCAUUUGGUUCUCUAAAGAGACUGCCAGUGUAAGCUGGAGGAAGGUGAGGAUGACGUCAAGUCAGCAUGCCCCUUACAUCCUGGGCUUCACACGUAAUACAAUGGUUGGGACAAUCAGAAGCGACUCGUGAGAGCUAGCGGCUCUGUUAAACCCAACCUCAGUUCGGAUUGUAGGCUGCAACUCGCCUACAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCCAGUCAGCUAUAUGGCGGUGAAUACGUUCCCGGGUCUUGUACAC	.......(((((((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((.....)).))))).))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))....((......))....)))))).....((((.(((((((...((....))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...).)))))))).)).	16S_rRNA
16S_rRNA-C.reinhardtii.chloro_domain4	ACCGCCCGUCACACCAUGGAAGCUGGUUCUGCUCCAAGUCGUUACCCUAACCUUCGGGAGGGGGGCGCCUAAAGCAGGGCUAGUGACUAGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGGGCUACUGGAAGGUGGCCCUGGCUCACCUCCUUC	...(..((.(.((((.(((..((((((((((((....(.((((.((((..((....)).)))))))).)...))))))))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))).............	16S_rRNA
16S_rRNA-C.reinhardtii.mito_domain1	AAAUUAGAGUUUGGUGCUGGCUCAGCUUUCAUGCGCCGAGCGGUGGUUUAUACAUGCGAGCUUAAAAGAUUAAGGCCACGAGUGCGUAAUACGCGAGUUUAAAUUUAUUAUACAAAAGUUGCUAGGUGACCCAAUACGGGCAUCGGGCAAAACUCGCGUAGGAUUAGCGAGCUGGGUCGCGACGCCAAUACAGCGGCCCAUGGCUUAUCCUUAGCCUGUCUUAACGGUACUAGGCCACGGUGGCACUGAAAAGGGGCCACGGUUCUUAUGAACCCAGCAGUGUUGAAUUUUGGACAAUCGCUUGAACGGCGGAUCCAGAUGCUGCUUACAAAAUUGUUUGUGAACAC	......(((((.......)))))..............((((((.......(((.(((..((((....................................................))))......(((.....((.((((............)))).))(((....((....(((((((..............)))))))..))....)))..((((..((....))....))))))).(((((...........))))).((((....))))...)))))).......(.(((...(((((.....))))).))))....))))))....................	16S_rRNA
16S_rRNA-C.reinhardtii.mito_domain2	CCCCCAAGCACGUGCCAGAAGGGUCGGUAAAACGUGCGGUGUCAGUAUAAAGCGUCUUGACUAGGCAGGCAGCGCGUCUGAGCGUUAAUGGUGAACACUUUAAACGUUGGGUAAUAUUCGGAGGAUCGGUCAAAUGAGAAUAUUCCGGAUGGAAAGCCGAAGGCGAAAGCACCAACAUCAGAGUCACUAAAGCUUCAACGCGUAAGUUUGGGUAGCGAACCGGAUUAGAGACCCGCAGUAGUCCAAACCGUCAACA	.......(((((....................)))))....................................((((..((((.............(((((..(.(((((.(..((((((((...(((......)))......))))))))..)........((....)).))))).).))))).......))))..))))....(((((((...(....(((.........))).....))))))))........	16S_rRNA
16S_rRNA-C.reinhardtii.mito_domain3	CAUUAUAGUUUUCAAAUCUAUAACGCCUGGUGAUACGGUGGCAACACUAUAAAUCAAAGCAAUUGGCAGCGAUAGAGAUGCGCGGUGGAAUAUGCUGUUUAAAUCGAAUUUACGCGCAAAAUCUUACCACUUUUUAUUAAAAUAGCUCUUGCAUUGCUGAAAAGUUCGAGCGGGACCUCGCCCUUAGUGCCGGUCUUUGCCACGUUUUCUGAACGGUCGAGCAAGUCAUCAUGGGGCUUAUAGAGUGGGCUACAGGCGUAUUACAUUGGACACCCACAAGUUGGAUACCAAAACUGUCCGAAUAUACGGAUUGGAGUAGCAAAACGAGAGAACUAUACAGUUCGUUUGCAUCGUUAUGCCUUGCUGAAACUAGCCUCCAUGAAGAAG	..((((((.........)))))).....(((.....((((....))))....))).................................((((((((((......((........))..........(((((((...........((.((((..(.(((....((.(((((......)))............)).))......((.((.......)).))....)))....)))))))....)))))))...)).))))))))...(((((((......................))))))).....(....(((((..............(((.((.(((.....))).)).)))...................)))))....)...	16S_rRNA
16S_rRNA-C.reinhardtii.mito_domain4	GAAUCGCGAGUAAUCGUAGAUCAUUAGCGCUACGGUGAAGGUAACCUCUAUUGUGCACACAUUGCCCGUCACCUCCGAUAAUAGUAUUGUACAGGAAGAACUAUGGCUACACUUA	............(((((((..........)))))))...............................................................................	16S_rRNA
16S_rRNA-D.melanogaster_domain4	ACCGCCCGUCGCUACUACCGAUUGAAUUAUUUAGUGAGGUCUCCGGACGUGAUCACUGUGACGCCUUGCGUGUUACGGUUGUUUCGCAAAAGUUGACCGAACUUGAUUAUUUAGAGGAAGUAAAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUA	.(.(..((.(..((((..(..((((((.(((.(((..((((..(....((((.(((((((((((.....))))))))).)).).)))....)..))))..))).))).))))))..).))))...).))...)..).((((((((((....))))))))))........	16S_rRNA
16S_rRNA-E.coli_domain2	AUUACUGGGCGUAAAGCGCACGCAGGCGGUUUGUUAAGUCAGAUGUGAAAUCCCCGGGCUCAACCUGGGAACUGCAUCUGAUACUGGCAAGCUUGAGUCUCGUAGAGGGGGGUAGAAUUCCAGGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUCUGGAGGAAUACCGGUGGCGAAGGCGGCCCCCUGGACGAAGACUGACGCUCAGGUGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCGUAAACGAUGUCGACUUGGAGGUUGUGCCCUUGAGGCGUGGCUUCCGGAGCUAACGCGUUAAGUCGACCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGUUAAAACUCA	.......(((((...(.((((...(((.(((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((((.....))))))))))))...((..)))).....)))))))))).(((......((((....))))....))).	16S_rRNA
16S_rRNA-E.coli_domain3	AAUGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCUGGUCUUGACAUCCACGGAAGUUUUCAGAGAUGAGAAUGUGCCUUCGGGAACCGUGAGACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUUGUGAAAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUAUCCUUUGUUGCCAGCGGUCCGGCCGGGAACUCAAAGGAGACUGCCAGUGAUAAACUGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUCAUCAUGGCCCUUACGACCAGGGCUACACACGUGCUACAAUGGCGCAUACAAAGAGAAGCGACCUCGCGAGAGCAAGCGGACCUCAUAAAGUGCGUCGUAGUCCGGAUUGGAGUCUGCAACUCGACUCCAUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGUGGAUCAGAAUGCCACGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACAC	.......(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....))))))).(.((....)).)))))).))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).)).	16S_rRNA
16S_rRNA-E.coli_domain4	ACCGCCCGUCACACCAUGGGAGUGGGUUGCAAAAGAAGUAGGUAGCUUAACCUUCGGGAGGGCGCUUACCACUUUGUGAUUCAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAACCGUAGGGGAACCUGCGGUUGGAUCACCUCCUUA	.(.(..((.(.((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))..).))...)..).((((((((((....)))))))))).............	16S_rRNA
16S_rRNA-F.ananassa_domain3	AAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGAGUGGAGCCUGCGCUUAAUUUGACUCAACACGGGGAAACUUACCAGGUCCAGACAUAGUAAGGAUUGACAGACUGAGAGCUCUUUCUUGAUUCUAUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGCGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGUUAACGAACGAGACCUCAGCCUGCUAACUAGCUAUCGGGAGGUCUCCUCGGGCCAGCUUCUUAGAGGGACUAUGGCCGCUUAGCGAACCAAGUUUGAGGCAAUAACAGGUCUGUCAUGCCCUUAGAUGUUCUGGGCCGCACGCGCGCUACACUGAUGUAUUCAACGAGUCUAUAGCCUUGGCCGACCACGGGGUAAUCUUUGAAAUUUCAUCGUGAUGGGGAUAGAUCAUUGCAAUUGUUGGUCUUCAACGAGGAAUUCCUAGUAAGCGCGAGUCAUCAGCUCGCGUUGACUACGUCCCUGCCCUUUGUACAC	.......(((((.(((((((..((..((((((.(((.(((((....((((........))))........(((((.(....(((((........((.(((........))).))......)))))...((.((((..((((((((....(((.(((((....)))...(((......)))...)).))).....((((.(((.((((..((((..(((((....))).))....))))..))))))).....(.((......)).)........)))).....))).)))...).))))))).....).)))))...))..))).))).)...((((.(......(((.......((..(........)..))....)))......).))))......(....((((((..........))))))....).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).)).	16S_rRNA
16S_rRNA-F.ananassa_domain4	ACCGCCCGUCGCUCCUACCGAUUGAAUGGUCCGGUGAAGUUGUUCGGAUCGCGGCGACGGGGGGCCGGUUCGCUGCCCGCGACGUCGCGAGAAGUUCCACUGAACCUUAUCAUUUAGAGGAAGGAGAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUG	.(.(..((.(.(((((.((..(.(((((((..(((..(((.(..(...((((((((.((.(((..(((....)))))).)).))))))))...)..).)))..)))..))))))))..)).)))))..).))...)..).((((((((((....))))))))))........	16S_rRNA
16S_rRNA-G.intestinalis_domain1	CAUCCGGUCGAUCCUGCCGGAGCGCGACGCUCUCCCCAAGGACGAAGCCAUGCAUGCCCGCUCACCCGGGACGCGGCGGACGGCUCAGGACAACGGUUGCACCCCCCGCGGCGGUCCCUGCUAGCCGGACACCGCUGGCAACCCGGCGCCAAGACGUGCGCGCAAGGGCGGGCGCCCGCGGGCGAGCAGCGUGACGCAGCGACGGCCCGCCCGGGCUUCCGGGGCAUCACCCGGUCGGCGCGGUCGCGGCGCGCCGAGGGCCCGACGCCUGGCGGAGAAUCAGGGUUCGACUCCGGAGAGCGGGCCUGCGAGACGGCCCGCACAUCCAAGGACGGCAGCAGGCGCGGAACUUGCCCAAUGCGCGGCGCGCGAGGCAGCGACGGGGAGCGCGCGAGCGAGGCGGGCCCACAGCCCCCGCCGCGGAGCCGAGGGCAAGGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCGGCGAGCGUCGCGCGG	...(((((.......))))).((((((((((.(((((..((.....(((.(((..((.(((...........)))))......(((.......(((..(...((...((((..............((.....((((((....))))))......))..................................................))))..)).)..))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).(((((((........))))))).(.((....)).)...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)...)))))..((....))..((((((.........)))))).....(((((((((.....((((.....((.))))).......)))))))))).))))))))))..	16S_rRNA
16S_rRNA-G.intestinalis_domain2	CGCUGCUGCAGUUGAAACGCCCGUAGUUGGCCCCCCGCCGCCACGAGGAAACGGGAGCGCUCCAGGCAGGCCCGUUGGACCCGCCGCGUGGGACCGCGCAGCGGGCCGGCGCGCCGCGGCAGCCCCGAGGAGAGCGGGCGGGGGCACCGGUACCGGCCGGGGACGGGUGAAACAGGAUGAUCCCGCCGAGACCGCCGGCCGCGCAGGCGCCUGCCAAGACCGCCUCUGUCAAUCAAGGGCGAAGGCCGGGGGCUAGAAGGCGAUCAGACACCACCGUAUUCCCGGCCGUAAACGGUGCCGCCCCGCGGCCGGCGCGCGCGUCCCGCCGGCCGCCCAGGGAAACCGGGAGGCUCCGGGCUCUGGGGGGAGUAUGGCCGCAAGGCUGAAACUUG	........(((((.....((((...(((............(((((.........................................))))).........((((((....)).)))).............(((((((.(...((((..((...((((.((...(.(......).)......)).))))...)).......((....))...))))..).)))).)))...)))...))))....((((((....(...((.(.........).))...).))))))..........((((((..(((.((((((.........)))))).)))...((..))))....)))....))).))).(((......((((....))))....))).	16S_rRNA
16S_rRNA-G.intestinalis_domain3	AAGGCAUUGACGGAGGGGUACCACCAGACGUGGAGUCUGCGGCUCAAUCUGACUCAACGCGCGCACCUCACCAGGCCCGGACGCGCGGAGGACCGACAGCCGGGCGCGCUUUCGCGAUCGCGCGGGCGGUGGUGCAUGGCCGCUCCCAGCCCGUGGCGCGAGCCGUCUGCUCCAUUGCGACAACGAGCGAGACCCCGGCCGCGGGCGCCGCGGGACGGCCCGCGCGAGCGGGAGGACGGCGGGGCGAUAGCAGGUCUGUGAUGCCCUCAGACGCCCUGGGCCGCACGCGCGCUACACUGGCGGGGCCAGCCGGCGCGCGCGAGGACGCGCGGAGCCCCCGCCGUGGCCGGGACCGCGGGCUGGAACGCCCCCGCGCACCAGGAAUGUCUUGUAGGCGCCCGCCCCCACCGCGCGCCGGACGCGUCCCUGCCCCUUGUACAC	.......(((((.(((((((..((..((((((.(((.((((((....(.((........)).).......(((((.(....(((((.......(((.(((.......))).))).....)))))...((.((((..((((((((....((.((((((....)))...(((......)))...))).)).....((((.((((((...))))))..(..(((((....)))))..)....)))).....))).)))...).))))))).....).)))))...)).)))).))).)...((((((.....((((((..(....)..))).)))....))))))......(....((.((((......)))).))....).....))))).....(((((.((.......)).)))))......))...)))))))))).)).	16S_rRNA
16S_rRNA-G.intestinalis_domain4	ACCGCCCGUCGCUCCUACCGACUGGGCGCGGCGGCGAGCGCCCCGGACGCGCGAAGGGCCGCGAGCCCCCGCGCCUGGAGGAAGGAGAAGUCGUAACAAGGUAUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAUGGAUCCCUC	...(..((.(.(((((.((..(.((((((((.(((..(((.(((...........))).)))..))).)))))))))..)).)))))..).))...)....((.((((((((....))))))))))........	16S_rRNA
16S_rRNA-H.sapiens.mito_domain1	AAUAGGUUUGGUCCUAGCCUUUCUAUUAGCUCUUAGUAAGAUUACACAUGCAAGCAUCCCCGUUCCAGUGAGUUCACCCUCUAAAUCACCACGAUCAAAAGGAACAAGCAUCAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACCGCGGUCACACGAUUAACCCAAGUCAAUAGAA	...(((((.......))))).((((((.(((.(((((((((...(((.(((..(......)......(((.......(((....(((.....)))....)))....(((....(((..(((....))).)))......)))..((...)))))...((....)).....)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).)))))).....((((((((.....(((.....((.))))).......)))..))))).))).)))))).	16S_rRNA
16S_rRNA-H.sapiens.mito_domain2	CCCGGCGUAAAGAGUGUUUUAGAUCACCCCCUCCCCAAUAAAGCUAAAACUCACCUGAGUUGUAAAAAACUCCAGUUGACACAAAAUAGACUACGAAAGUGGCUUUAACAUAUCUGAACACAGAAUAGCUAAGACCCAAACUGGGAUUAGAUACCCCACUAUGCUUAGCCCUAAACCUCAACAGUUAAAUCAACAAAACUGCUCGCCAGAACACUACGAGCCACAGCUUAAAACUCA	...(((((......(((...(((...............(((((((.....(((.((..(((......)))...)).))).....).....(.((....))))))))).....)))....))).....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(.(((((......))..))))).).))).((.......((((....)))).....)).	16S_rRNA
16S_rRNA-H.sapiens.mito_domain3	AAGGACCUGGCGGUGCUUCAUAUCCCUCUAGAGGAGCCUGUUCUGUAAUCGAUAAACCCCGAUCAACCUCACCACCUCUUGCUCAGCCUAUAUACCGCCAUCUUCAGCAAACCCUGAUGAAGGCUACAAAGUAAGCGCAAGUACCCACGUAAAGACGUUAGGUCAAGGUGUAGCCCAUGAGGUGGCAAGAAAUGGGCUACAUUUUCUACCCCAGAAAACUACGAUAGCCCUUAUGAAACUUAAGGGUCGAAGGUGGAUUUAGCAGUAAACUAAGAGUAGAGUGCUUAGUUGAACAGGGCCCUGAAGCGCGUACAC	.......(((((.(((((((...((..((((((.((((((((((...((((........))))........(((((((.......((.((((..((((((.(.(..((..(((((.....))).......))..)).....(((....)))...).).).)))...))))))))....)))))))..)).)))))))).)...((((.....)))).....(..(.(((((((.......))))))).)..).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).)).	16S_rRNA
16S_rRNA-H.sapiens.mito_domain4	ACCGCCCGUCACCCUCCUCAAGUAUACUUCAAAGGACAUUUAACUAAAACCCCUACGCAUUUAUAUAGAGGAGACAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACUGGAAAGUGCACUUGGACGAAC	...(..((.(...((((((...((.......................................))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))).......	16S_rRNA
16S_rRNA-H.sapiens_domain3	AAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGAGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGAAACCUCACCCGGCCCGGACACGGACAGGAUUGACAGAUUGAUAGCUCUUUCUCGAUUCCGUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGCGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGAUAACGAACGAGACUCUGGCAUGCUAACUAGUUACGCGACCCCCGAGCGGUCGGCGUCCCCCAACUUCUUAGAGGGACAAGUGGCGUUCAGCCACCCGAGAUUGAGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUCCGGGGCUGCACGCGCGCUACACUGACUGGCUCAGCGUGUGCCUACCCUACGCCGGCAGGCGCGGGUAACCCGUUGAACCCCAUUCGUGAUGGGGAUCGGGGAUUGCAAUUAUUCCCCAUGAACGAGGAAUUCCCAGUAAGUGCGGGUCAUAAGCUUGCGUUGAUUAAGUCCCUGCCCUUUGUACAC	.......(((((.(((((((..((..((((((.(((.((((((....((((........))))........(((((.(....(((((........((.(((........))).))......)))))...((.((((..((((((((....(((.(((((....)))...(((......)))...)).))).....(.((.(.(.((((..((((....(((..((((....)))).)))....))))..))))).)..(..(((((.....)))))..)....)).)....))).)))...).))))))).....).)))))...)).)))).))).)...((.(((......(((.......((..((((....))))..)).....)))......))).))......(.....(((((..........))))).....).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).)).	16S_rRNA
16S_rRNA-H.sapiens_domain4	ACCGCCCGUCGCUACUACCGAUUGGAUGGUUUAGUGAGGCCCUCGGAUCGGCCCCGCCGGGGUCGGCCCACGGCCCUGGCGGAGCGCUGAGAAGACGGUCGAACUUGACUAUCUAGAGGAAGUAAAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUA	...(..((.(..((((.((..(.((((((((.(((..((((.((...(((((.((((((((((((.....))))))))))))...)))))...)).))))..))).)))))))))..)).))))...).))...)....((((((((((....))))))))))........	16S_rRNA
16S_rRNA-H.volcanii_domain1	AUUCCGGUUGAUCCUGCCGGAGGUCAUUGCUAUUGGGGUCCGAUUUAGCCAUGCUAGUUGCACGAGUUCAUACUCGUGGCGAAAAGCUCAGUAACACGUGGCCAAACUACCCUACAGAGAACGAUAACCUCGGGAAACUGAGGCUAAUAGUUCAUACGGGAGUCAUGCUGGAAUGCCGACUCCCCGAAACGCUCAGGCGCUGUAGGAUGUGGCUGCGGCCGAUUAGGUAGACGGUGGGGUAACGGCCCACCGUGCCGAUAAUCGGUACGGGUUGUGAGAGCAAGAGCCCGGAGACGGAAUCUGAGACAAGAUUCCGGGCCCUACGGGGCGCAGCAGGCGCGAAACCUUUACACUGCACGCAAGUGCGAUAAGGGGACCCCAAGUGCGAGGGCAUAUAGUCCUCGCUUUUCUCGACCGUAAGGCGGUCGAGGAAUAAGAGCUGGGCAAGACCGGUGCCAGCCGCCGCGGUAAUACCGGCAGCUCAAGUGAUGACCGAU	...(((((.......))))).((((((((((.((((((((((.....(((.(((..(((..((((((....)))))))))......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((((((..((......)).)))))))......((....)).)))))))..))))))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)))))))))..((((((((.....)))))))).(..(((((((.......)))))))..)...(((((((((....((((.....((.))))).......)))))))))).))))))))))...	16S_rRNA
16S_rRNA-H.volcanii_domain2	AUUAUUGGGCCUAAAGCGUCCGUAGCCGGCCACGAAGGUUCAUCGGGAAAUCCGCCAGCUCAACUGGCGGGCGUCCGGUGAAAACCACGUGGCUUGGGACCGGAAGGCUCGAGGGGUACGUCCGGGGUAGGAGUGAAAUCCCGUAAUCCUGGACGGACCACCGAUGGCGAAAGCACCUCGAGAAGACGGAUCCGACGGUGAGGGACGAAAGCUAGGGUCUCGAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCUAGCUGUAAACGAUGCUCGCUAGGUGUGACACAGGCUACGAGCCUGUGUUGUGCCGUAGGGAAGCCGAGAAGCGAGCCGCCUGGGAAGUACGUCCGCAAGGAUGAAACUUA	.......(((((.....((((.(.(((.((((((..(((((((((((....(((((((.....)))))))...)))))))))..)).))))))...((((((.....(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..)).......((....)).)))))))....))).)))...))))..))))....((((((....(...((((.........))))...).))))))..........((((((..((((((((((((((.....))))))))))))))...((..)))).....)))))).))).(((......((((....))))....))).	16S_rRNA
16S_rRNA-H.volcanii_domain3	AAGGAAUUGGCGGGGGAGCACUACAACCGGAGGAGCCUGCGGUUUAAUUGGACUCAACGCCGGACAUCUCACCAGCUCCGACUACAGUGAUGACGAUCAGGUUGAUGACCUUAUCACGACGCUGUAGAGAGGAGGUGCAUGGCCGCCGUCAGCUCGUACCGUGAGGCGUCCUGUUAAGUCAGGCAACGAGCGAGACCCGCACUUCUAAUUGCCAGCAGCAGUUUCGACUGGCUGGGUACAUUAGAAGGACUGCCGCUGCUAAAGCGGAGGAAGGAACGGGCAACGGUAGGUCAGUAUGCCCCGAAUGAGCUGGGCUACACGCGGGCUACAAUGGUCGAGACAAUGGGUUGCUAUCUCGAAAGAGAACGCUAAUCUCCUAAACUCGAUCGUAGUUCGGAUUGAGGGCUGAAACUCGCCCUCAUGAAGCUGGAUUCGGUAGUAAUCGCAUUUCAAUAGAGUGCGGUGAAUACGUCCCUGCUCCUUGCACACA	.......(((((.(((((((..((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((...((((((((.....(((.(((.......))).)))....))))))))...((.((((..(((((((((...((((((.((....))...((((......))))..)))))).....(((..(((((((...((..(((((((....)))).)))))....)))))))..((.(((((.....))))).))......)))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..	16S_rRNA
16S_rRNA-H.volcanii_domain4	CCGCCCGUCAAAGCACCCGAGUGAGGUCCGGAUGAGGCCACCACACGGUGGUCGAAUCUGGGCUUCGCAAGGGGGCUUAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAAUCUGCGGCUGGAUCACCUCCUG	..(..((...((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))....))...)....((((((((((....))))))))))............	16S_rRNA
16S_rRNA-M.polymorpha_domain2	UGCGAUUAUGACAAGACUCGAAGAAGAAGCCCCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAGACGGGGGGGGCAAGUGUUAUUCGGAAUGACUAGGCGUAAAGGGCACGUAGGCGGUGAAUCCAGUUGAAAGUGAAAGUCGCCAGCUCAACUGGCGGAAUGCUUUCAAAACCAAUUUACUAGAGUAAGGCAUAGAGGAAAGCGGAAUUUCGUGUGUAGCGAUAAAAUGCAAAAAUAUACGAAGGAACGCCAAAAGCGAAGGCAGCUUUCUGGUUCUUUAACUGACGCUAAAGUGCGAAAGCAUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCAUGCUGUAAACGAUGA	.(.........)................(((((......(((((....................))))))))))...............................((((...((((((((((...((((((((((.....(((((.......)))))...)))))))))..)..)))))).....(((((.(....((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))...)))))).....))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))............	16S_rRNA
16S_rRNA-M.polymorpha_domain3	GUGUUCGUUCUUGGUCUACUGAUAUCGCACUCUUUUGGGCUGACUUAAGCUCGGCUUAAUGCUUAAAUUACUGCAAAGGUAGUGUGACUCGAUUGUUUUCUUCAAGUUCCAACAAUCGUGAAAAAUAUGUGAUGAUCAGGGGCUGAGCUAACGCGUUAAACACUCCGCCUGGGGAGUACGGUCGCAAGGCUGAAACUCAAAGAAUUGACGGGGGCCUGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUUCAACGCGCAAAACCUUACCAGCCCUUGACAUAUGAAUAAGUGUGCUUGUCCUUAACGGGAUGGUACGAAAAUUCAUACAGGUGUUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCUUGAGACGUUGGGUUAAGUCCUAUAACGAGCGCAACCCUUGUUUUGUGUUGCUAAGACAUGCUUUGGUUCAAUCCUUGACCACUGGAGACUGACGAAGACUACGCCGUGAAAAUGGAGGAUACCGA	.((((.((((((((((.....................................................................................................................))))))))))...((....))....))))........(((......((((....))))....)))..............................................(.((........)).).....................((((((........(((((.....)))))............)))))).......................(((((((((....)))..((((......))))..))))))...............................................................................................	16S_rRNA
16S_rRNA-M.polymorpha_domain4	CGAGCUAAGUUUUUGCAAACGCCGUGUGGCUCAUUCUGAAAAGAAUAUGACCAUACAAAGUUUUCAUACGGUAUUCUCCGACGAACGAAGCUCUCAGAGCAUUGUACACUUCACACUGAGGAACUCGAUCUUAGUCAAAAUGA	...............................................................................................................................................	16S_rRNA
16S_rRNA-P.occultum_domain2	AUUACUGGGCCUAAAGCGCCCGUAGCCGGCCCGGUAAGUCCCCCCCUAAAGCCCCGGGCUCAACCCGGGGAGUGGGGGGGAUACUGCCGGGCUAGGGGGCGGGAGAGGCCGAGGGUACUCCCGGGGUAGGGGCGAAAUCCGAUAAUCCCGGGAGGACCACCAGUGGCGAAGGCGCUCGGCUGGAACGCGCCCGACGGUGAGGGGCGAAAGCCGGGGGAGCAAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCCGGCUGUAAACGAUGCGGGCUAGGUGUUGGGCGGGCUUGGAGCCCGCCCAGUGCCGCAGGGAAGCCGUUAAGCCCGCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGCUGAAACUUA	.......(((((...(.((((.(.(((.(((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))...))))))))..)))))))))...((((((.....(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..)).......((....)).)))))))....))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((((((.....))))))))))))))...((..)))).....)))))))))).(((......((((....))))....))).	16S_rRNA
16S_rRNA-P.occultum_domain3	AAGGAAUUGGCGGGGGAGCACCACAAGGGGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUGGAGUCAACGCCGGGAAUCUUACCGGGGGCGACAGCAGGAUGACGGCCAGGCUGACGACCUUGCCCGACACGCUGAGAGGAGGUGCAUGGCCGUCGCCAGCUCGUGCCGUGAGGUGUCCGGUUAAGUCCGGCAACGAGCGAGACCCCCACCCCUAGUUGCUACCCCGGGGCCACCCCGGGGGCACACUAGGGGGACUGCCGCCGUCCAAGGCGGAGGAAGGAGGGGGCCACGGCAGGUCAGCAUGCCCCGAAUCCCCCGGGCUGCACGCGGGCUACAAUGGCGGGGACAGCGGGAUCCGACCCCGAAAGGGGGAGGCAAUCCCUUAAACCCCGCCGCAGUUGGGAUCGAGGGCUGCAACUCGCCCUCGUGAACGCGGAAUCCCUAGUAACCGCGCGUUAGCAUCGCGCGGUGAAUACGUCCCUGCUCCUUGCACAC	.......(((((.((.((((..((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((...((((.(......(((.(((.......))).)))...)..))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((((((...)))))))))....)))))))..((.(((.(......).))).)).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))).))))).)).	16S_rRNA
16S_rRNA-P.occultum_domain4	ACCGCCCGUCGCUCCACCCGAGCGGGGGAGGGGUGAGGCCCCGUCCCUCGCCAGGGCGGGGUCGAACCUCUCCCCCGCGAGGGGGGAGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAACCUGCGGCUGGAUCACCUCCU	.(.(..((...((((.(((..(((((((((((((..((((((((((.......))))))))))..)))))))))))))..))).))))....))...)..).((((((((((....))))))))))...........	16S_rRNA
16S_rRNA-P.staleyi_domain2	UUUACUGGGCUUAAAGAGUUCGUAGGCGGUCUUGUAAGUGGGGUGUGAAAUCCCUCGGCUCAACCGAGGAACUGCGCUCCAAACUACAAGACUUGAGGGGGAUAGAGGUAAGCGGAACUGAUGGUGGAGCGGUGAAAUGCGUUGAUAUCAUCAGGAACACCGGAGGCGAAGGCGGCUUACUGGGUCCUUUCUGACGCUGAGGAACGAAAGCUAGGGGAGCAAACGGGAUUAGAUACCCCGGUAGUCCUAGCCGUAAACGAUGAGCACUGGACCGGAGCUCUGCACAGGGUUUCGGUCGUAGCGAAAGUGUUAAGUGCUCCGCCUGGGGAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUCA	.......(((((...(.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((((....))))))))))))...((..)))).....)))))))))).(((......((((....))))....))).	16S_rRNA
16S_rRNA-P.staleyi_domain3	AAGGAAUUGACGGGGGCUCACACAAGCGGUGGAGGAUGUGGCUUAAUUCGAGGCUACGCGAAGAACCUUAUCCUAGUCUUGACAUGCUUAGGAAUCUUCCUGAAAGGGAGGAGUGCUCGCAAGAGAGCCUUUGCACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUCGGGUUAAGUCCCUUAACGAGCGAAACCCUUGUCCUUAGUUACCAGCGCGUCAUGGCGGGGACUCUAAGGAGACUGCCGGUGUUAAACCGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUCCUCAUGGCCUUUAUGAUUAGGGCUGCACACGUCCUACAAUGGUGCACACAAAGCGACGCAAACUCGUGAGAGCCAGCUAAUCGCAAAAAAUGUACCUCAGUUCGGAUUGCAGGCUGCAACUCGCCUGCAUGAAGCUGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGGUCAGCAUACCGCGGUGAAUAUGUUCCUGAGCCUUGUACAC	.......(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........)))).........(((((((......(((..(((..(((((((....))))))).(.(((....))).))))..)))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...((((((......(((..((...(((....)))...))....)))......))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).)).	16S_rRNA
16S_rRNA-P.staleyi_domain4	ACCGCCCGUCAAGCCACGAAAGUGGGGGGGACCCAACAGCGCUGCCGUAACCGCAAGGAACAAGGCGCCUAAGGUCAACUCCGUGAUUGGGACUAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAACCUGCGGCUGGAUCACCUCCUUUCU	.(.(..(....((.(.(((..((((((..((((.....(((((...((..((....)).))..)))))....))))..))))))..))).).)).....)...)..).((((((((((....))))))))))...............	16S_rRNA
16S_rRNA-S.cerevisiae_domain3	AGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGAGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGGAAACUCACCAGGUCCAGACACAAUAAGGAUUGACAGAUUGAGAGCUCUUUCUUGAUUUUGUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGUGAUUUGUCUGCUUAAUUGCGAUAACGAACGAGACCUUAACCUACUAAAUAGUGGUGCUAGCAUUUGCUGGUUAUCCACUUCUUAGAGGGACUAUCGGUUUCAAGCCGAUGGAAGUUUGAGGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGACGUUCUGGGCCGCACGCGCGCUACACUGACGGAGCCAGCGAGUCUAACCUUGGCCGAGAGGUCUUGGUAAUCUUGUGAAACUCCGUCGUGCUGGGGAUAGAGCAUUGUAAUUAUUGCUCUUCAACGAGGAAUUCCUAGUAAGCGCAAGUCAUCAGCUUGCGUUGAUUACGUCCCUGCCCUUUGUACACAC	......(((((.(((((((..((..((((((.(((.((((((....((((........))))........(((((.(....(((((........((.(((........))).))......)))))...((.((((..((((((((....(((.(((((....)))...(((......)))...)).))).....((((.(((.((((..(((((.((((((....))))))...)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))).....))).)))...).))))))).....).)))))...)).)))).))).)...(((((((.....(((.....((..((((....))))..))....)))......)))))))......(....((((((..........))))))....).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))...	16S_rRNA
16S_rRNA-S.cerevisiae_domain4	CGCCCGUCGCUAGUACCGAUUGAAUGGCUUAGUGAGGCCUCAGGAUCUGCUUAGAGAAGGGGGCAACUCCAUCUCAGAGCGGAGAAUUUGGACAAACUUGGUCAUUUAGAGGAACUAAAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUA	.(..((.(..((((.((..(.((((((((.(((..(.((..(...(((((((.((((.((((....)))).)))).)))))))...)..)).)..))).)))))))))..)).))))...).))...)....((((((((((....))))))))))........	16S_rRNA
16S_rRNA-T.gondii_domain3	AAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGCGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGGAAACUCACCAGGUCCAGACAUAGGAAGGAUUGACAGAUUGAUAGCUCUUUCUUGAUUCUAUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGUGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGUUAACGAACGAGACCUUAACCUGCUAAAUAGGAUCAGGAACUUCGUGUUCUUGUAUCACUUCUUAGAGGGACUUUGCGUGUCUAACGCAAGGAAGUUUGAGGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUUCUGGGCUGCACGCGCGCUACACUGAUGCAUCCAACGAGUUUAUAACCUUGGCCGAUAGGUCUAGGUAAUCUUGUGAGUAUGCAUCGUGAUGGGGAUAGAUUAUUGCAAUUAUUAAUCUUCAACGAGGAAUGCCUAGUAGGCGCAAGUCAGCACGUUGCGCCGAUUACGUCCCUGCCCUUUGUACAC	.......(((((.(((((((..((..((((((.(((.((((((....((((........))))........(((((.(....(((((........((.(((........))).))......)))))...((.((((..((((((((....(((.(((((....)))...(((......)))...)).))).....((((.(((.((((..((((((((((((.....))))))).))).))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))).....))).)))...).))))))).....).)))))...)).)))).))).)...(((((((.....(((.......((..((((....))))..))....)))......)))))))......(....((((((..........))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).)).	16S_rRNA
16S_rRNA-T.gondii_domain4	ACCGCCCGUCGCUCCUACCGAUUGAGUGUUCCGGUGAAUUAUUCGGACCGUUUUGUGGCGCGUUCGUGCCCGAAAUGGGAAGUUUUGUGAACCUUAACACUUAGAGGAAGGAGAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUC	.(.(..((.(.(((((.((..(.(((((((..(((..((.(..(...((((((((.(((((....)))))))))))))...)..).))..)))..))))))))..)).)))))..).))...)..).((((((((((....))))))))))........	16S_rRNA
16S_rRNA-T.maritima_domain2	UUUACUGGGCGUAAAGGGGGCGUAGGCGGCCUGGUGUGUCGGAUGUGAAAUCCCACGGCUCAACCGUGGGGCUGCAUCCGAAACUACCAGGCUUGGGGGCGGUAGAGGGAGACGGAACUGCCGGUGUAGGGGUGAAAUCCGUAGAUAUCGGCAGGAACGCCGGUGGGGAAGCCGGUCUCCUGGGCCGACCCCGACGCUGAGGCCCGAAAGCCAGGGGAGCAAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCUGGCUGUAAACGAUGCCCACUAGGUGUGGGGGGGUAAUCCCUCCGUGCUGAAGCUAACGCGUUAAGUGGGCCGCCUGGGGAGUACGCCCGCAAGGGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCGUGUGGUUUAAUUGGAUGCUAAGCCAAGAACCUUACCAGGGCUUGACAUGCCGGU	.......(((((...(.((((.(.(((.(((((((..((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..).)))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((((...))))))))))))...((..)))).....)))))))))).(((......((((....))))....)))...............................................((((........))))............................	16S_rRNA
16S_rRNA-T.maritima_domain3	GGUACCUCCCCGAAAGGGGUAGGGACCCAGUCCUUCGGGACUGGGAGCCGGCACAGGUGGUGCACGGCCGUCGUCAGCUCGUGCCGUGAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCUGCCCCUAGUUGCCAGCGGUUCGGCCGGGCACUCUAGGGGGACUGCCGGCGACGAGCCGGAGGAAGGAGGGGAUGACGUCAGGUACUCGUGCCCCUUAUGCCCUGGGCGACACACGCGCUACAAUGGGCGGUACAAUGGGUUGCGACCCCGCGAGGGGGAGCCAAUCCCCAAAGCCGCCCUCAGUUCGGAUCGCAGGCUGCAACCCGCCUGCGUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCCAUGCCGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACAC	....(((((((....)))).)))..((((((((....))))))))..........((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))..............................(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))......(....(((((((........)))))))....)...............(((((((..........))))))).........................	16S_rRNA
16S_rRNA-T.maritima_domain4	ACCGCCCGUCACGCCACCCGAGUCGGGGGCUCCCGAAGACACCUACCCCAACCCGAAAGGGAGGGGGGGUGUCGAGGGAGAACCUGGCGAGGGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUUCU	.(.(..((...((((.(((..((((((..((((....(((((((.((((..(((....))).)))))))))))...))))..))))))..))).))))....))...)..).((((((((((....))))))))))...............	16S_rRNA
16S_rRNA-Z.mays_domain1	CUCAUGGAGAGUUCGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGGCAUGCUUAACACAUGCAAGUCGAACGGGAAGUGGUGUUUCCAGUGGCGAACGGGUGAGUAACGCGUAAGAACCUGCCCUUGGGAGGGGAACAACAACUGGAAACGGUUGCUAAUACCCCGUAGGCUGAGGAGCAAAAGGAGAAAUCCGCCCAAGGAGGGGCUCGCGUCUGAUUAGCUAGUUGGUGAGGCAAUAGCUUACCAAGGCGAUGAUCAGUAGCUGGUCCGAGAGGAUGAUCAGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUUUUCCGCAAUGGGCGAAAGCCUGACGGAGCAAUGCCGCGUGGAGGUGGAAGGCCUACGGGUCGUCAACUUCUUUUCUCGGAGAAGAAACAAUGACGGUAUCUGAGGAAUAAGCAUCGGCUAACUCUGUGCCAGCAGCCGCGGUAAGACAGAGGAUGCAAGCGUUAUCCGGA	........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(((((.....))))).)))))......(((......((((.((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((....)))....(((....))).)))))))..)).)).))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(.........)....))))))..)...((((((((...(((((.....((.))))).......)))))))))).))))))))))...	16S_rRNA
16S_rRNA-Z.mays_domain2	AUGAUUGGGCGUAAAGCGUCUGUAGGUGGCUUUUCAAGUCCGCCGUCAAAUCCCAGGGCUCAACCCUGGACAGGCGGUGGAAACUACCAAGCUGGAGUACGGUAGGGGCAGAGGGAAUUUCCGGUGGAGCGGUGAAAUGCAUUGAGAUCGGAAAGAACACCAACGGCGAAAGCACUCUGCUGGGCCGACACUGACACUGAGAGACGAAAGCUAGGGGAGCAAAUGGGAUUAGAGACCCCAGUAGUCCUAGCCGUAAACGAUGGAUACUAGGUGCUGUGCGACUCGACCCGUGCAGUGCUGUAGCUAACGCGUUAAGUAUCCCGCCUGGGGAGUACGUUCGCAAGAAUGAAACUCA	.......(((((.....((((.(.(((.((((....(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))...))))...(((.((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))..)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..(((((((((((........)))))))))))...((..)))).....)))))).))).(((......((((....))))....))).	16S_rRNA
16S_rRNA-Z.mays_domain3	AAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAAGGCGAAGAACCUUACCAGGGCUUGACAUGCCGCGAAUCCUCUUGAAAGAGAGGGGUGCCCUCGGGAACGCGGACACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGCCGUAAGGUGUUGGGUUAAGUCUCGCAACGAGCGCAACCCUCGUGUUUAGUUGCCACUAUGAGUUUGGAACCCUGAACAGACCGCCGGUGUUAAGCCGGAGGAAGGAGAGGAUGAGGCCAAGUCAUCAUGCCCCUUAUGCCCUGGGCGACACACGUGCUACAAUGGGCGGGACAAAGGGUCGCGAUCUCGCGAGGGUGAGCUAACUCCAAAAACCCGUCCUCAGUUCGGAUUGCAGGCUGCAACUCGCCUGCAUGAAGCAGGAAUCGCUAGUAAUCGCCGGUCAGCCAUACGGCGGCGAAUCCGUUCCCGGGCCUUGUACAC	.......(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....))))))).(.((....)).)))))).))..((.((((..((((((.(....(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...(((.........)))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))).....).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....)))))......((((((..........)))))).......))...)))))))))).)).	16S_rRNA
16S_rRNA-Z.mays_domain4	ACCGCCCGUCACACUAUAGGAGCUGGCCAGGUUUGAAGUCAUUACCCUUAACCGUAAGGAGGGGGAUGCCUAAGGCUAGGCUUGCGACUGGAGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU	...(..((...((((.(((..((.((((.((((....(.((((.((((...((....)).)))))))).)...)))).)))).))..))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))).............	16S_rRNA
23S_rRNA-B.subtilis_domain3	AGAGGGGUGAGAAUCCCUCCACCGAAUGCCUAAGGGUUCCUGAGGAAGGCUCGUCCGCUCAGGGUUAGUCGGGACCUAAGCCGAGGCCGAAAGGCGUAGGCGAUGGACAACAGGUUGAUAUUCCUGUACCACCUCCUCACCAUUUGAGCAAUGGGGGGUCGCAGGAGGAUAGGGUAAGCGCGGUAUUGGAUAUCCGCGUCCAAGCAGUUAGGCUGGGAAAUAGGCAAAUCCGUUUCCCAUAAGGCUGAGCUGUGAUGGCGAGCGAAAUAUAGUAGCGAAGUUCCUGAUUCCACACUGCCAAGAAAAGCCUCUAGCGAGGUGAGAGGUGCCCGUACCGCAAACCGUCACAGGUAGGCGAGGAGAGAAUCCUAAGGUGA	.((((((......))))))((((....((((..((...((((((...((.....)).))))))....((((((.((...(((.(.(((....))).).)))...))...(((((........)))))))(((((.((((((......((...((((....((((..(((..(((.((((((((..........))))))((..((((...(((((((((((.((.....)))))))))....))))...))))...))...((.(.......).))....)))))...)))...)))).........))))..))..)))))))))))))))..)).....((......)).)))).((((.....))))..)))).	23S_rRNA
23S_rRNA-B.subtilis_domain4	UCGAGAGAACUCUCGUUAAGGAACUCGGCAAAAUGACCCCGUAACUUCGGGAGAAGGGGUGCUCUGUUAGGGUGCAAGCCCGAGAGAGCCGCAGUGAAUAGGCCCAGGCGACUGUUUAGCAAAAACACAGGUCUCUGCGAAGCCGUAAGGCGAAGUAUAGGGGCUGACGCCUGCCCGGUGCUGGAAGGUUAAGAGGAGCGCUUAGCGUAAGCGAAGGUGCGAAUUGAAGCCCCAGUAAACGGCGGCCGUAACUAUAACGGUCCUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGACCCGCACGAAAGGCGCAACGAUCUGGGCGCUGUCUCAACGAGAGACUCGG	.((((....((((((((.(((..............(((((....(....).....)))))(((((.((.((((....)))))).)))))(...).......(((((((((..(((.........)))..(((((((((...(((....)))...)..))))))))..((((.(((..(((((((..(((...((...(((((..((....))...)))))...))...))))))))..)))))((((((.......))))))(...).....(.........((((((.....))))))).........))))...)).)))))))....))).)))))))).)))).	23S_rRNA
23S_rRNA-B.subtilis_domain6	UGGAAAUUUGAGAGGAGCUGUCCUUAGUACGAGAGGACCGGGAUGGACGCACCGCUGGUGUACCAGUUGUUCUGCCAAGGGCAUCGCUGGGUAGCUAUGUGCGGACGGGAUAAGUGCUGAAAGCAUCUAAGCAUGAAGCCCCCCUCAAGAUGAGAUUUCCCAUUCCGCAAGGAAGUAAGAUCCCUGAAAGAUGAUCAGGUUGAUAGGUCUGAGGUGGAAGUGUGGCAACACAUGGAGCUGACAGAUACUAAUCGAUCG	.((((((((..((((..(((((((...............))))))).(((((...(((....(((((((((((....))))))..)))))....))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((....))))....(((((((((.......)))))....((((((((.((.....(((((....)))))....))..))))).)))...)))).	23S_rRNA
23S_rRNA-E.coli_domain3	AAGCGGGUGAAAAGCCCGCUCGCCGGAAGACCAAGGGUUCCUGUCCAACGUUAAUCGGGGCAGGGUGAGUCGACCCCUAAGGCGAGGCCGAAAGGCGUAGUCGAUGGGAAACAGGUUAAUAUUCCUGUACUUGGUGUUACUGCGAAGGGGGGACGGAGAAGGCUAUGUUGGCCGGGCGACGGUUGUCCCGGUUUAAGCGUGUAGGCUGGUUUUCCAGGCAAAUCCGGAAAAUCAAGGCUGAGGCGUGAUGACGAGGCACUACGGUGCUGAAGCAACAAAUGCCCUGCUUCCAGGAAAAGCCUCUAAGCAUCAGGUAACAUCAAAUCGUACCCCAAACCGACACAGGUGGUCAGGUAGAGAAUACCAAGGCGC	.((((((.......))))))((((....((((..((...((((((...((.....)).))))))....(((((..((...(((.(.(((....))).).)))...))...(((((........)))))))(((((((((((((..(((((....((((..(((..(((((((((((..........))))))((..((((...((((((((((((.((.....))))))))))..))))...))))...))...(((((....)))))....)))))...)))...)))).........)))))..))....))))))))))).)))..)).....((......)).)))).((((.....))))..)))).	23S_rRNA
23S_rRNA-E.coli_domain4	UUGAGAGAACUCGGGUGAAGGAACUAGGCAAAAUGGUGCCGUAACUUCGGGAGAAGGCACGCUGAUAUGUAGGUGAGGUCCCUCGCGGAUGGAGCUGAAAUCAGUCGAAGAUACCAGCUGGCUGCAACUGUUUAUUAAAAACACAGCACUGUGCAAACACGAAAGUGGACGUAUACGGUGUGACGCCUGCCCGGUGCCGGAAGGUUAAUUGAUGGGGUUAGCGCAAGCGAAGCUCUUGAUCGAAGCCCCGGUAAACGGCGGCCGUAACUAUAACGGUCCUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGACCUGCACGAAUGGCGUAAUGAUGGCCAGGCUGUCUCCACCCGAGACUCAG	.((((....((((((((.(((..............(((((....(....).....)))))((((((...(((.....((((.....))))....)))..))))))(...).......(((((((((..(((.........)))..(((((((((...(((....)))...)..))))))))..((((.(((..(((((((..(((........(((((..((....))...)))))........))))))))..)))))((((((.......))))))(...).....(.........((((((.....))))))).........))))...)).)))))))....))).)))))))).)))).	23S_rRNA
23S_rRNA-E.coli_domain6	UGGAGAACUGAGGGGGGCUGCUCCUAGUACGAGAGGACCGGAGUGGACGCAUCACUGGUGUUCGGGUUGUCAUGCCAAUGGCACUGCCCGGUAGCUAAAUGCGGAAGAGAUAAGUGCUGAAAGCAUCUAAGCACGAAACUUGCCCCGAGAUGAGUUCUCCCUGACCCUUUAAGGGUCCUGAAGGAACGUUGAAGACGACGACGUUGAUAGGCCGGGUGUGUAAGCGCAGCGAUGCGUUGAGCUAACCGGUACUAAUGAACCG	.((((((((..((((..(((((((...............))))))).(((((...(((....(((((((((((....))))))..)))))....))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((((...)))))).....((..(((((.......)))))....((((((((..(.....(((((....)))))....)...))))).))).....)).	23S_rRNA
23S_rRNA-H.pylori_domain3	AGAUAUAUGAGAAUUGUAUCCGCCGUAAAUCUAAGGUUUCCUACGCGAUGGUCGUCAUCGUAGGGUUAGUCGGGUCCUAAGCCGAGUCCGAAAGGGGUAGGUGAUGGCAAAUUGGUUAAUAUUCCAAUACCGACUGUGGAGCGUGAUGGGGGGACGCAUAGGGUUAAGCGAGCUAGCUGAUGGAAGCGCUAGUCUAAGGGCGUAGAUUGGAGGGAAGGCAAAUCCACCUCUGUAUUUGAAACCCAAACAGGCUCUUUGAGUCCUUUUAGGACAAAGGGAGAAUCGCUGAUACCGUCGUGCCAAGAAAAGCCUCUAAGCAUAUCCAUAGUCGUCCGUACCGCAAACCGACACAGGUAGAUGAGAUGAGUAUUCUAAGGCGC	.((((((.......))))))((((....((((..((...((((((...((.....)).))))))......((((.((...(((.(.(((....))).).)))...))...(((((........)))))..((((((((((..((...((((....((((..(((..(((((((((((..........))))))((..(((....(((....(((..((.....)).)))....))).....)))....)).((((((..(((((...)))))..))))))..)))))...)))...)))).........))))...))...))))))))))))))..)).....((......)).)))).(((.......)))..)))).	23S_rRNA
23S_rRNA-H.pylori_domain4	GUGAAAGAACUCUGGUUAAGGAACUCUGCAAACUAGCACCGUAAGUUCGCGAUAAGGUGUGCCACAGCGAUGUGGUCUCAGCAAAGAGUCCCUCCCGACUGUUUACCAAAAACACAGCACUUUGCCAACUCGUAAGAGGAAGUAUAAGGUGUGACGCCUGCCCGGUGCUCGAAGGUUAAGAGGAUGCGUCAGUCGCAAGAUGAAGCGUUGAAUUGAAGCCCGAGUAAACGGCGGCCGUAACUAUAACGGUCCUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCGGUUAAAUACCGACCUGCAUGAAUGGCGUAACGAGAUGGGAGCUGUCUCAACCAGAGAUUCAG	.((((....((((((((.(((..............(((((....(....).....)))))((((((....))))))(...).......((((..(((..(((.........)))..(((((((((...(((....)))...)..))))))))..((((.(((..(((((((..((((..((....((((..(((....)))...))))....))..)))))))))..)))))((((((.......))))))(...)...............((((((.....))))))..........))))...)).)..))))....))).)))))))).)))).	23S_rRNA
23S_rRNA-H.pylori_domain6	AGGAAAGUUGAGGAGAGCUGUCCCUAGUACGAGAGGACCGGGAUGGACGUGUCACUGGUGCACCAGUUGUCUGCCAAGAGCAUCGCUGGGUAGCACACACGGAUGUGAUAACUGCUGAAAGCAUCUAAGCAGGAACCAACUCCAAGAUAAACUUUCCCUGAAGCUCGCACAAAGACUAUGUGCUUGAUAGGGUAGAUGUGUGAGCGCAGUAAUGCGUUUAGCUGACUACUACUAAUAGAGCG	.((((((((..((((..(((((((...(.(....).)..))))))).(((((...(.(....((((((((((....))).))..)))))....)).)))))....((....(((((...........)))))....)).))))......)))))))).....(((((((((.......)))))....((((((((..(.....(((((....)))))....)...))))).)))...)))).	23S_rRNA
23S_rRNA-S.aureus_domain3	AGACGGGUGAGAAUCCCGUCCACCGAUUGACUAAGGUUUCCAGAGGAAGGCUCGUCCGCUCUGGGUUAGUCGGGUCCUAAGCUGAGGCCGACAGGCGUAGGCGAUGGAUAACAGGUUGAUAUUCCUGUACCACCUAUAAUCGUUUUAAUCGAUGGGGGGACGCAGUAGGAUAGGCGAAGCGUGCGAUUGGAUUGCACGUCUAAGCAGUAAGGCUGAGUAUUAGGCAAAUCCGGUACUCGUUAAGGCUGAGCUGUGAUGGGGAGAAGACAUUGUGUCUUCGAGUCGUUGAUUUCACACUGCCGAGAAAAGCCUCUAGAUAGAAAAUAGGUGCCCGUACCGCAAACCGACACAGGUAGUCAAGAUGAGAAUUCUAAGGUGA	.((((((.......))))))((((....((((..((...((((((...((.....)).))))))....((((((.((...(((.(.(((....))).).)))...))...(((((........)))))))(((((((..((.......((...((((....((((..(((..(((((.((((((.........))))))((..((((...(((((((((((.((.....))))))))).....))))...))))...))...(((((((...)))))))...)))))...)))...)))).........))))..))..))..)))))))))))..)).....((......)).)))).(((.......)))..)))).	23S_rRNA
23S_rRNA-S.aureus_domain4	GCGAGCGAACUCUCGUUAAGGAACUCGGCAAAAUGACCCCGUAACUUCGGGAGAAGGGGUGCUCUUUAGGGUUAACGCCCAGAAGAGCCGCAGUGAAUAGGCCCAAGCGACUGUUUAUCAAAAACACAGGUCUCUGCUAAACCGUAAGGUGAUGUAUAGGGGCUGACGCCUGCCCGGUGCUGGAAGGUUAAGAGGAGUGGUUAGCUUCUGCGAAGCUACGAAUCGAAGCCCCAGUAAACGGCGGCCGUAACUAUAACGGUCCUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGACCCGCACGAAAGGCGUAACGAUUUGGGCACUGUCUCAACGAGAGACUCGG	.((((....((((((((.(((..............(((((....(....).....)))))(((((((.((((....)))).)))))))(...).......(((((((((..(((.........)))..(((((((((...(((....)))...)..))))))))..((((.(((..(((((((..(((...((...(((((..((....))...)))))...))...))))))))..)))))((((((.......))))))(...)...............((((((.....))))))..........))))...)).)))))))....))).)))))))).)))).	23S_rRNA
23S_rRNA-S.aureus_domain6	AGGAAAUUUGAGAGGAGCUGUCCUUAGUACGAGAGGACCGGGAUGGACAUACCUCUGGUGUACCAGUUGUCGUGCCAACGGCAUAGCUGGGUAGCUAUGUGUGGACGGGAUAAGUGCUGAAAGCAUCUAAGCAUGAAGCCCCCCUCAAGAUGAGAUUUCCCAACUUCGGUUAUAAGAUCCCUCAAAGAUGAUGAGGUUAAUAGGUUCGAGGUGGAAGCAUGGUGACAUGUGGAGCUGACGAAUACUAAUCGAUCG	.((((((((..((((..(((((((...............))))))).(((((...(((....(((((((((((....))))))..)))))....))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......)))))))).(((....)))....(((((((((.......)))))....((((((((.((.....(((((....)))))....))..))))).)))...)))).	23S_rRNA
23S_rRNA-T.thermophilus_domain3	AAGAGGGUGAGAAUCCCUCUCGCCGUAAGCCCAAGGGUUCCUACGCAAUGGUCGUCAGCGUAGGGUUAGGCGGGACCUAAGGUGAAGCCGAAAGGCGUAGCCGAAGGGCAGCCGGUUAAUAUUCCGGCCCUUCCCGCAGGUGCGAUGGGGGGACGCUCUAGGCUAGGGGGACCGGAGCCAUGGACGAGCCCGGCCAGAAGCGCAGGGUGGGAGGUAGGCAAAUCCGCCUCCCAACAAGCUCUGCGUGGUGGGGAAGCCCGUACGGGUGACAACCCCCCGAAGCCAGGGAGCCAAGAAAAGCCUCUAAGCACAACCUGCGGGAACCCGUACCGCAAACCGACACAGGUGGGCGGGUGCAAGAGCACUCAGGCGC	.((((((......).)))))((((....((((..((...((((((...((.....)).))))))......((((.((...(((.(.(((....))).).)))...))...(((((........)))))..(((((((((((((...((((....((((..(((..(((((.((((..............))))......((((((((((((((((.((.....)))))))))).....)))))))).........((((....))))......)))))...)))...)))).........))))...))...)))))))))))))))..)).....((......)).)))).((((......))))..)))).	23S_rRNA
23S_rRNA-T.thermophilus_domain4	GCGGGAGAACCCUCGCCAAGGAACUCUGCAAGUUGGCCCCGUAACUUCGGGAGAAGGGGUGCUCCCUGGGGUGAUGAGCCCCGGGGAGCCGCAGUGAACAGGCUCUGGCGACUGUUUACCAAAAACACAGCUCUCUGCGAACUCGUAAGAGGAGGUAUAGGGAGCGACGCUUGCCCGGUGCCGGAAGGUCAAGGGGAGGGGUGCAAGCCCCGAACCGAAGCCCCGGUGAACGGCGGCCGUAACUAUAACGGUCCUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGACCUGCACGAAAAGCGUAACGACCGGAGCGCUGUCUCGGCGAGGGACCCGG	.((((....((((((((.(((..............(((((....(....).....)))))((((((((((((.....))))))))))))(...).......(((((((((..(((.........)))..(((((((((...(((....)))...)..))))))))..((((.(((..(((((((..(((...((...(((((....)))))...))...))))))))..)))))((((((.......))))))(...)...............((((((.....))))))..........))))...)).)))))))....))).)))))))).)))).	23S_rRNA
23S_rRNA-T.thermophilus_domain6	AGGAGGCUUGAGGGGGGCUCUUCCUAGUACGAGAGGACCGGAAGGGACGCACCUCUGGUUUCCCAGCUGUCCCUCCAGGGGCAUAAGCUGGGUAGCCAUGUGCGGAAGGGAUAACCGCUGAAAGCAUCUAAGCGGGAAGCCCGCCCCAAGAUGAGGCCUCCCACGGCGUCAAGCCGGUAAGGACCCGGGAAGACCACCCGGUGGAUGGGCCGGGGGUGUAAGCGCCGCGAGGCGUUGAGCCGACCGGUCCCAAUCGUCCG	.((((((((..((((..(((((((...............))))))).(((((...(((....(((((((((((....))))))...)))))....))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((.....))))....(((((((((.......)))))....((((((((.((.....(((((....)))))....))..))))).)))...)))).	23S_rRNA
5S_rRNA-Acanthamoeba-castellanii-1	GGAUACGGCCAUACUGCGCAGAAAGCACCGCUUCCCAUCCGAACAGCGAAGUUAAGCUGCGCCAGGCGGUGUUAGUACUGGGGUGGGCGACCACCCGGGAAUCCACCGUGCCGUAUCCU	(((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).))))))))).	5S_rRNA
5S_rRNA-Acanthamoeba-castellanii-2	GGAUACGGCCAUACUGCGCAGAAAGCACCGCUUCCCAUCCGAACAGCGAAGUUAAGCUGCGCGAGGCGGUGUUAGUACUGGGGUGGGCGACCACCCGGGAAUCCACCGUGCCGUAUCCU	(((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).))))))))).	5S_rRNA
5S_rRNA-Acetobacter-aceti-2	GGACCUGGUGGCUAUGGCGGGAGAGAUCCACCCGAUCCCAUCCCGAACUCGGCCGUGAAAACCCCCAGCGCCUAUGAUACUGCGGCUUAAGCCGUGGGAAAGUCGGUCGCCGCCAGGUCC	.((((((((((.....(((((.(......((((((.............))))..)).....).))).)).((.((....(((((((....)))))))....)).))...)))))))))).	5S_rRNA
5S_rRNA-Acetobacter-sp.-1	GAUCUGGUGGCCAUGGCGGGGCGCAAUCACCCGAUCCCAUCCCGAACUCGGCCGUCAAAUGCCCCAGCGCCCAUGAUACUCUGCCUCAAGGCACGGAAAAGUCGGUCGCCGCCAGAUCC	((((((((((.....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).)).((.((....((.((((....)))).))....)).))...)))))))))).	5S_rRNA
5S_rRNA-Acheta-domesticus-1	GCCAACGUCCAUACCACGUUGAAAGCACCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAGUUAAGCAGCGUCGGGCGCGGUUAGUACUUGGAUGGGUGACCGCCUGGGAACCCCGCGUGACGUUGGCAU	(((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).)))))))))..	5S_rRNA
5S_rRNA-Acholeplasma-laidlawii-1	UCUGGUGACGAUAGGUAAGAUGGUUCACCUGUUCCCAUCCCGAACACAGAAGUUAAGCAUCUUAGCGCCGACGAUAGUUAUUACAAUUAGCGAAAAUAGGACGUUGCCAGGC	((((((((......((((((((....((((((.............))))..))....)))))).)).((.(.....((((.(...).)))).....).))...)))))))).	5S_rRNA
5S_rRNA-Acholeplasma-laidlawii-2	UCUGGUGACGAUGGCAAGAUGUUCCACCUGUUCCCUACCCGAAUAUAGAAGUUAAGCAUCUUAGCGCCGACGAUAGUUAUUACAAUUAGCGAAAAUAGGACGUUGCCAGGC	((((((((.....((((((((....((((((.............))))..))....)))))).)).((.(.....((((.(...).)))).....).))...)))))))).	5S_rRNA
5S_rRNA-Acholeplasma-laidlawii-3	UCUGGUGACGAUGGCAAGAUGGUUCCACCUGUUCCCAUCCCGAACACAGAAGUUAAGCAUCUUAGCGCCGACGAUAGUUAUUACAAUUAGCGAAAAUAGGACGUUGCCAGGC	((((((((.....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).)).((.(.....((((.(...).)))).....).))...)))))))).	5S_rRNA
5S_rRNA-Achromobacter-cycloclastes-1	CGACCUGGUGGUUCUGGCGGGGUGGCUGCACCCGUUCCCAUUCCGAACACGGCCGUGAAACGCCCCAGCGCCGAUGGUACUUCGUCUUAAGACGCGGGAGAGUAGGUCGCUGCCAGGUCU	.((((((((((.....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).)).((.((....((.((((....)))).))....)).))...)))))))))).	5S_rRNA
5S_rRNA-Achromobacter-denitrificans-1	UGCCUGACGACCAUAGCGAGUUGGUCCCACUCCUUCCCAUCCCGAACAGGACAGUGAAACGACUUUGCGCCGAUGAUAGUGGACGGACGUCUGUGAAAGUAGGUCAUCGUCAGGC	.(((((((((.....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).)).((.((....((((((....))))))....)).))...)))))))))	5S_rRNA
5S_rRNA-Achromobacter-xylosoxidans-1	CCUGACGACCAUAGCAAGGUGGUACCACUCCUUCCCAUCCCGAACAGGACAGUGAAACGCCUUUGCGCCGAUGAUAGUGGACGGACGUCUGUGAAAGUAGGUCAUCGUCAGGCU	((((((((.....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).)).((.((....((((((....))))))....)).))...))))))))..	5S_rRNA
5S_rRNA-Acidiphilium-acidophilum-1	CGACCUGGUGGCCAUUGCGGGGGGCCCGCACCCGAUCCCAUCCCGAACUCGGCCGUGAAAACCCCCAGCGCCCAUGGUACUGUGCCUCAAGGCACGGGAGAGUAGGUCGCCGCCAGGUCC	.((((((((((.....(((((((......((((((.............))))..)).....))))).)).((.((....(((((((....)))))))....)).))...)))))))))).	5S_rRNA
5S_rRNA-Acidiphilium-cryptum-1	CGACCUGGUGGCCAUUGCGGGGAGCCUGCACCCGAUCCCAUCCCGAACUCGGCCGUGAAAAUCCCCAGCGCCCAUGGUACUGUGCCUCAAGGCACGGGAGAGUAGGUCGCCGCCAGGUCCUC	.((((((((((.....(((((((......((((((.............))))..)).....))))).)).((.((....(((((((....)))))))....)).))...))))))))))...	5S_rRNA
5S_rRNA-Acidithiobacillus-ferrooxidans-1	UGUCUGGCGGCCAUAGCGCAGUGGAACCACCCCUUCCCAUCUCGAACAGGACCGUGAAACGCUGCAGCGCCUAUGAUAGUUGAGGGUCUCCCUCCGCGAAAGUCGGUCACCGCCAGAC	.(((((((((.....((((((((.....((.(((.............)))...))....)))))).)).((.((....((.(((((...))))).))....)).))...)))))))))	5S_rRNA
5S_rRNA-Acidithiobacillus-ferrooxidans-2	UGCCUGGUGGCCAUAGCGAGCGGGAACCACCCGAUCCCAUUCCGAACUCGGAAGUGAAAACGCUUAGCGCCGAUGAUAGUAUGGGGUCUCCCUAUGCGAAAGUAGGACACUGCCAGGCUU	.(((((((((.....(((((((......((((((.............))))..)).....))))).)).((.((....((((((((...))))))))....)).))...)))))))))..	5S_rRNA
5S_rRNA-Acidithiobacillus-ferrooxidans-3	UGUCUGGCGGCCAUAGCGCAGUGGAACCACCCCUUCCCAUCUCGAACAGGACCGUGAAACGCUGCAGCGCCUAUGAUAGUUGAGGGUCUCCCUCCGCGAAAGUCGGUCACCGCCAGACAC	((((((((((.....((((((((.....((.(((.............)))...))....)))))).)).((.((....((.(((((...))))).))....)).))...)))))))))).	5S_rRNA
5S_rRNA-Acidithiobacillus-thiooxidans-1	UUGUCUGGCGGCCAUAGCGCAGUGGAACCACCCCUUCCCAUCCCGAACAGGACCGUGAAACACUGCAGCGCCUAUGAUAGUUGAGGGCCUCCCUCCGCGAAAGUCGGUCACCGCCAGACAC	.((((((((((.....((((((((.....((.(((.............)))...))....)))))).)).((.((....((.(((((...))))).))....)).))...)))))))))).	5S_rRNA
5S_rRNA-Acidovorax-delafieldii-1	UGCCUGAUGACCAUAGCAAGUUGGUCCCACUCCUUCCCAUCCCGAACAGGACAGUGAAACGACUUUGCGCCGAUGAUAGUGCGGGUUCCCGUGUGAAAGUAGGUCAUCGUCAGGC	.(((((((((.....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).)).((.((....((((((....))))))....)).))...)))))))))	5S_rRNA

End of preview. Expand in Dataset Viewer.

ArchiveII

ArchiveII is a dataset of RNA sequences and their secondary structures, widely used in RNA secondary structure prediction benchmarks.

ArchiveII contains 2975 RNA samples across 10 RNA families, with sequence lengths ranging from 28 to 2968 nucleotides. This dataset is frequently used to evaluate RNA secondary structure prediction methods, including those that handle both pseudoknotted and non-pseudoknotted structures.

It is considered complementary to the RNAStrAlign dataset.

Disclaimer

This is an UNOFFICIAL release of the ArchiveII by Mehdi Saman Booy, et al.

The team releasing ArchiveII did not write this dataset card for this dataset so this dataset card has been written by the MultiMolecule team.

Example Entry

id	sequence	secondary_structure	family
16S_rRNA-A.fulgidus	AUUCUGGUUGAUCCUGCCAGAGGCCGCUGCUA...	...(((((...(((.))))).((((((((((....	16S_rRNA

Column Description

id: A unique identifier for each RNA entry. This ID is derived from the family and the original .sta file name, and serves as a reference to the specific RNA structure within the dataset.
sequence: The nucleotide sequence of the RNA molecule, represented using the standard RNA bases:
- A: Adenine
- C: Cytosine
- G: Guanine
- U: Uracil
secondary_structure: The secondary structure of the RNA represented in dot-bracket notation, using up to three types of symbols to indicate base pairing and unpaired regions, as per bpRNA's standard:
- Dots (.): Represent unpaired nucleotides.
- Parentheses (( and )): Represent base pairs in standard stems (page 1).
family: The RNA family to which the sequence belongs, such as 16S rRNA, 5S rRNA, etc.

Variations

This dataset is available in two additional variants:

archiveii: The main ArchiveII dataset.
archiveii.512: ArchiveII dataset with sequences no longer than 512 nucleotides.
archiveii.1024: ArchiveII dataset with sequences no longer than 1024 nucleotides.

Related Datasets

RNAStrAlign: A database of RNA secondary with the same families as ArchiveII, usually used for training.
bpRNA-spot: Another commonly used database in RNA secondary structures prediction.

License

This dataset is licensed under the AGPL-3.0 License.

SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0-or-later

Citation

@article{samanbooy2022rna,
  author    = {Saman Booy, Mehdi and Ilin, Alexander and Orponen, Pekka},
  journal   = {BMC Bioinformatics},
  keywords  = {Deep learning; Pseudoknotted structures; RNA structure prediction},
  month     = feb,
  number    = 1,
  pages     = {58},
  publisher = {Springer Science and Business Media LLC},
  title     = {{RNA} secondary structure prediction with convolutional neural networks},
  volume    = 23,
  year      = 2022
}

Downloads last month: 50

Homepage

multimolecule.danling.org

Size of downloaded dataset files:

256 kB

Size of the auto-converted Parquet files:

256 kB

Number of rows:

3,865